Δες highcharts και flot. Είναι αρκετά ευέλικτα. Για κάτι πιο απλό μπορείς να κοιτάξεις το gRaphael ενώ για κάτι σε πιο low level αν δε σε καλύπτουν τα παραπάνω και θες να φτιάξεις κάτι δικό σου δες την processing.js