Λύθηκε. Το πρόβλημα ήταν ότι είχα βάλει στο /etc/profile την chcp και εκτελούνταν κάθε φορά που κάποια εφαρμογή προαπσθούσε να εκκινήσει ένα shell για να λειτουργήσει. Βάζοντας την chcp στο ~/.bash_profile εκτελείται μόνο στα login shells κι όλα μέλι γάλα.